手指甲盖塌扁，形成一个坑可能是维生素缺乏、环境因素、甲外伤造成的，也不排除银屑病及真菌感染的可能性。患者可前往正规医院皮肤科进行就诊，以明确具体病因。
1、维生素缺乏：维生素属于人体必需的营养物质，如果维生素缺乏可能会造成免疫功能下降，还有可能会导致患者指甲营养不良。如果维生素缺乏严重，也有可能会导致手指甲盖塌扁，形成一个坑；
2、环境因素：如果生活在高原地区，有可能会导致水温过低，若是手指长期接触冷水，可能会导致末梢血管痉挛，导致局部组织供血不足，营养不良，出现手指甲盖塌扁，形成一个坑；
3、甲外伤：如果指甲受到外伤，尤其是甲母质损伤，会影响到指甲的生长，而且还有可能会导致手指甲盖塌扁，形成一个坑，还可能会出现甲肉分离；
4、银屑病：银屑病一般由遗传因素所致，如果发生于手上，还有可能会累及到指甲，造成指甲破坏，从而会导致手指甲盖塌扁，形成一个坑；
5、真菌感染：在甲板受到真菌感染后，可能会导致甲板受到刺激，那有可能会导致甲板增厚以及发黄，也有可能会导致指甲不光滑，从而会出现手指甲盖塌扁，形成一个坑的情况。
6、其他：包括贫血、风湿热、寒冷等，都有可能导致大拇指指甲盖有小凹坑，如贫血容易出现末梢血液循环不畅，影响指甲的营养供给，导致指甲出现变形，从而会出现指甲盖突然塌扁个坑的情况。